«НКО-координаты» разработаны в 2007 году при участии 660 некоммерческих организаций (770 человек) из 21 региона РФ.

Предложение о создании документа, определяющего параметры ответственной деятельности, открытости и прозрачности некоммерческих организаций, прозвучало в ходе дискуссий о базовых принципах прозрачности деятельности НКО, состоявшихся в 20 регионах РФ в начале 2006 года. О необходимости создания подобного документа говорили и участники итоговых слушаний по прозрачности деятельности НКО, прошедших в Москве 11 апреля 2006 года. На слушаниях было высказано предложение поручить организацию этого процесса Агентству социальной информации (АСИ).

Приняв во внимание все эти предложения, АСИ выступило организатором процесса создания документа. В феврале 2007 года АСИ создало рабочую группу, в которую вошли эксперты из различных НКО:

• Абросимова Елена Антоновна, доцент юридического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова, кандидат юридических наук;
• Бахмин Вячеслав Иванович, член Московской Хельсинкской группы и председатель правления Центра инновационных общественных инициатив
• Казаков Олег Борисович, директор Научно-исследовательской лаборатории некоммерческого сектора (ЛИНКС);
• Каминарская Наталья Георгиевна, исполнительный секретарь Форума Доноров (Россия);
• Ковалевская Елена Викторовна, член Экспертного совета при Уполномоченном по правам человека в РФ;
• Левинсон Лев Семенович, эксперт Института прав человека, член Экспертного совета при Уполномоченном по правам человека в РФ;
• Маковецкая Светлана Геннадьевна, программный директор Института Национального проекта «Общественный договор»;
• Севортьян Анна Рустемовна, координатор информационных программ и исследований Центра развития демократии и прав человека;
• Тополева Елена Андреевна, директор Агентства социальной информации;
• Честин Игорь Евгеньевич, директор Всемирного фонда дикой природы (WWF) России, член Комиссии Общественной палаты РФ (2005-2007 гг.) по экологической безопасности.

Координацию деятельности рабочей группы и сведение текста документа обеспечивали сотрудники АСИ: Темичева Елена Викторовна, контент-координатор; Проппер Мария Георгиевна, куратор.

Разработанный группой черновой текст документа до сентября 2007 года обсуждался на дискуссионных площадках в Москве и 20 регионах РФ и был распространен среди НКО различных сфер деятельности. Текст также был выставлен на сайте nkozakon.ru, где любая желающая НКО могла оставить свои комментарии и поправки к тексту. Собранные в ходе дискуссий, через сайт и электронные письма предложения и комментарии НКО были обработаны участниками рабочей группы, в результате чего первоначальный текст документа был доработан в соответствии с внесенными предложениями.