По результатам проверки, проведенной инспекцией Федеральной налоговой службы N 9 по Москве, центр был привлечен к налоговой ответственности за «неполную уплату налога на прибыль за 2002-2004 годы». Проверяющие исходили из того, что организация незаконно использовала освобождение от налогообложения и не включала полученные по грантовым соглашениям денежные средства в налогооблагаемую базу при исчислении налога на прибыль. Претензии предъявлены на сумму 5 млн рублей. При этом центр не занимается коммерческой деятельностью и существует исключительно на гранты. Он оказывает бесплатную юридическую помощь преимущественно малообеспеченным слоям населения по вопросам международной защиты, осуществляет непосредственную подготовку дел в международные органы по защите прав человека: Комитет по правам человека ООН, Европейский суд по правам человека. Значительную часть своей деятельности организация осуществляет на благотворительные пожертвования международных организаций и фондов, за использование которых регулярно отчитывается перед грантодателями. Решение налоговых органов руководитель Центра содействия международной защите, адвокат Каринна Москаленко считает несправедливым. Согласно ст. 251 Налогового кодекса РФ центр имеет право не выплачивать налога на прибыль. «Прибыль не предусмотрена нашим уставом. Никаких оснований выплачивать налоги на прибыль не имелось, потому что прибыли этой нет», — заявила она на состоявшейся сегодня в Независимом пресс-центре конференции. Незаконный акт налоговой проверки организация намерена оспаривать в суде. И если это не получится сделать в российском суде, жалоба будет направлена в Страсбургский суд, где, уверена Москаленко, примут решение о несостоятельности претензий фискальных органов. На конференцию пришли многие руководители российских правозащитных организаций. Они заявили, что считают претензии к центру ни чем иным как началом нападок на гражданское общество. Версий, почему именно ему предъявлены налоговые претензии, было высказано множество, но главную из них озвучила Людмила Алексеева: «…граждане заваливают Страсбургский суд жалобами. А власти устали, что их тыкают в огрехи нашего «независимого» правосудия». Поэтому и было принято решение закрыть Центр содействия международной защите».